Niezmiernie ważne jest na etapie realizacji wykonawstwo prac budowlanych i montażowych, gdyż jakiekolwiek niedociągnięcia, mogą w przyszłości decydować o występujących uciążliwościach (nieprawidłowo wykonane połączenia instalacji, nieszczelność instalacji itp.). Natomiast na etapie eksploatacji inwestycji mogą powstać niepożądane oddziaływania związane z nieprawidłową kulturą prowadzenia procesu produkcyjnego (m.in. stopień higieny obiektów, regularne przeglądy techniczne, konserwacje, itp.), co w następstwie przekłada się na występowanie takich uciążliwości jak: emisja związków złowonnych i hałasu. Problemy mogą pojawić się, gdy na etapie montażu instalacji nie zostały dochowane najwyższe standardy wykonawstwa. W takich przypadkach może dojść do niekontrolowanego rozszczelnienia instalacji i w następstwie do wycieków substancji, która w połączeniu z powietrzem powoduje emisję przykrych zapachów. Procesy technologiczne prowadzone są z zachowaniem kontroli na każdym etapie, parametry pracy urządzeń wynikają z proporcji i stężeń wsadu i są każdorazowo, indywidualnie dobierane na podstawie badań laboratoryjnych. Przy wysokiej kulturze i higienie wszystkich uczestników procesu wykonawczego oraz produkcyjnego, systematycznej kontroli i niezwłocznym usuwaniu wszelkich ewentualnych usterek, uciążliwości w zakresie związków złowonnych powinny zostać ograniczone do minimum i być nieodczuwalne dla otoczenia.

Związki złowonne mogą powstać wyłącznie w wyniku niewłaściwego odsiarczania biogazu, bądź jeśli zostały popełnione błędy w procesie fermentacji. W biogazowi oddziaływanie na stan jakości powietrza atmosferycznego będzie związane z energetycznym spalaniem biogazu w agregatach kogeneracyjnych.

Właściwe zabezpieczenie miejsc przechowywania substratów pozwala na minimalizację uwalniania się substancji złowonnych, jednak niemożliwe jest ich całkowite wyeliminowanie. Najczęściej na terenie biogazowni panuje zapach zbliżony do tego, z jakim mamy do czynienia przy fermie bydła żywionego kiszonką. Ponadto zapach ten jest już mało wyczuwalny w odległości kilkunastu (do kilkudziesięciu) metrów od biogazowni. Prawidłowe magazynowanie substratu wejściowego i końcowego, poprzez zapewnienie zamkniętych lub przykrytych zbiorników, umiejscowienie ich na nieprzepuszczalnym, odpowiednio wyprofilowanym podłożu z systemem kanalizacji, która umożliwi zawrócenie ewentualnych odcieków do procesu produkcyjnego wpływa na minimalizację zapachów. Zbiorniki magazynowe substratów płynnych i cysterny dowożące substrat powinny być wyposażone w szczelne króćce.Nieprzyjemny zapach może też emitować zbiornik na masę pofermentacyjną, jeżeli jest to otwarta laguna. Większość biogazowni przechowuje pofermnet w komorach zamkniętych, lub separuje frakcję stałą i ciekłą na bieżąco, co minimalizuje tę uciążliwość. Laguny są najczęściej projektowane w tych biogazowniach, które są odsunięte od siedzib ludzkich na dużą odległość. Zapach pofermentu jest zbliżony do zapachu wilgotnej ziemi, ewentualnie może przypominać zapach kiszonki, są to więc zapachy typowe dla obszarów rolnych.

Pewna uciążliwość dla otoczenia wynika ze wzmożonego ruchu pojazdów transportujących substraty. Nasilenie ruchu jest uzależnione od rozwiązań logistycznych w konkretnej instalacji. Jeżeli substratem strategicznym jest kiszonka z kukurydzy (jak ma to miejsce w większości polskich biogazowni) ruch ten kumuluje się w okresie 2-3 tygodni, kiedy kukurydza zbierana jest z pola i przewożona do silosów. Coraz częściej biogazownie decydują się na obsiew różnymi gatunkami roślin, o zróżnicowanym terminie zbioru, jak np. żyto, trawy, burak. Pozwala to nie tylko rozłożyć w czasie transport biomasy (co zmniejsza uciążliwość) ale też racjonalnie wykorzystać maszyny, urządzenia i pracę ludzką. W przypadku wykorzystania substratów odpadowych z przemysłu rolno-spożywczego, które powstają sukcesywnie przez znaczną część roku, ruch pojazdów transportowych będzie równomierny i umiarkowany (do kilku transportów dziennie, w zależności od ilości substratu). Pewnym problemem mogą być również pojazdy dostarczające substrat do zakładu, jeśli nie są wyposażone w szczelne plandeki, bądź nie przestrzega się zasady ich przykrywania. Najlepszym rozwiązaniem jest, gdy cały sprzęt mechaniczny dowożący substraty jest na wyposażeniu zakładu biogazowi, bowiem wtedy jest większa pewność, że będzie znajdował się w odpowiednim stanie technicznym, a także, że przestrzegane są wszelkie procedury dotyczące przewozu substancji, wyznaczonych tras ich dowozu, itp. Najmniej uciążliwym rozwiązaniem jest dostarczanie substratów za pomocą urządzeń wewnętrznych, np. rurociągu z fermy zwierząt lub zakładu przetwórczego. Jest to możliwe w przypadku lokalizacji biogazowni w bezpośredniej bliskości miejsca powstawania substratów i dotyczy najczęściej surowców płynnych.