Etap projektowania jest najważniejszym, gdyż decyduje o lokalizacji tego zakładu na terytorium gminy, biorąc pod uwagę formę własności gruntu na którym stanąć ma planowany obiekt budowlany, możliwości dowozu substratu do przetwarzania z najbliższej okolicy, a także obecność infrastruktury technicznej zdolnej do odebrania wyprodukowanej energii.
Zgodnie z powyższym przy rozpatrywaniu lokalizacji biogazowni, poza wyżej wymienionymi uwarunkowaniami wynikającymi z własności, dowozu substratów oraz infrastrukturą techniczną, powinno się kierować zasadą strefowania funkcji terenów, która to jest naczelną zasadą planowania przestrzennego.
Dla mieszkańców gminy najkorzystniej jest, gdy biogazownia uwzględniona zostanie w studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania gminy, a następnie w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego. Jest to sytuacja jasna i oczywista zarówno dla mieszkańców, jak i potencjalnego inwestora.

Znaczenie ma również rozmieszczenie poszczególnych obiektów biogazowni względem siebie oraz najbliższego otoczenia, w taki sposób, aby źródła hałasu były ukierunkowane przeciwnie do zabudowy mieszkaniowej oraz obiekty „neutralne” ekranowały zabudowę mieszkaniową. To samo dotyczy lokalizacji zbiorników na substraty oraz pofermentat, które najkorzystniej jest lokalizować w miejscu najbardziej oddalonym od zabudowy.
Pewnym zagrożeniem może być również sytuacja, w której występują błędy na etapie wydawania kolejnych pozwoleń administracyjnych, począwszy od decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, w trakcie wydawania której można zgłaszać uwagi i wnioski, kończąc na pozwoleniu na budowę, które powinno „konsumować” wszystkie wcześniej wydane decyzje.
Na etapie decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach jest nakładanych na inwestora szereg warunków, których spełnienie gwarantuje dotrzymanie najwyższych standardów środowiska, dlatego muszą się one znaleźć w projekcie budowlanym. Decyzja środowiskowa nakłada również na inwestora dokonanie dodatkowych analiz porealizacyjnych, bądź nawet w uzasadnionych przypadkach prowadzenia monitoringu środowiska, celem sprawdzenia prognoz dokonanych na etapie planowania z rzeczywiście występującymi na etapie eksploatacji instalacji.

Na etapie budowy całej instalacji, może potencjalnie wystąpić ryzyko zanieczyszczenia środowiska (gruntu, wód powierzchniowych i podziemnych), uciążliwości dla społeczeństwa (transport, hałas od budowy, zaplecza budowy), niewłaściwe wykonawstwo, które rzutuje bezpośrednio na etap eksploatacji. Pomimo tego, że wszelkie niekorzystne oddziaływania etapu budowy inwestycji są krótkoterminowe, przemijające i odwracalne, etap ten musi jednakże charakteryzować się wysoką kulturą wykonawczą prac budowlanych. Niezmiernie ważne jest na etapie realizacji wykonawstwo prac budowlanych i montażowych, gdyż jakiekolwiek niedociągnięcia, mogą w przyszłości decydować o występujących uciążliwościach (nieprawidłowo wykonane połączenia instalacji, nieszczelność instalacji itp.).